光緒13 (1887)年8月，劉銘傳奏請將前山由二府八縣三廳擴張為三府十一縣三廳，東部後山地區，則改設為「臺東直隸州」，轄南鄉(卑南覓)、廣鄉(成廣澳)、奉鄉、新鄉(新城)、蓮鄉(花蓮港)等五鄉。左界宜蘭，右界恆春，卑南廳舊治改設直隸州同一員，水尾迤北，改為花蓮港廳，歸臺灣兵備道管轄。按清代行政劃分，直隸州地位略等同於府，建置往往為財富資源或有特殊用途之地，臺東直隸州的設立，明顯在於經營開發東部後山，特別是繼續開山撫番的工作。
然清賦所引起的民番俱怨，兵勇強開道路招墾番地，若有不服，即起兵戎，以及官不久任、閩台不協等，一直是臺灣東部開發的內外問題，後山的統領也常隨著主政者與客觀環境的不定而搖擺。到了光緒19 (1893)年6月胡傳代理臺東直隸州，兼為統帥時，其所面臨的是「臺東官無城，民無壘；田則水利未修，海則商船罕至；兇番則惡意萌生，通事則惡習難改：在在急需整頓經理。」特別是經過十多年武力拓墾，官方有效治理的疆域州還僅是東濱大海，西際番山，南界阿郎壹溪，北界加里宛，南、北、西向皆為番山所隔絕，前、後山相通之路只剩三條崙一縷之道，之前羅大春與吳光亮所開的北路與中路六道，兵勇一撤，即為番所阻塞。顯見兵事番亂與水土問題，一直是治理東部後山的首要難題。
臺東州采訪冊記載了民莊34處，番社176社，可見當時漢人的拓墾仍有其侷限性，原住民仍是後山的優勢族群。當時的臺東直隸州所轄共有五鄉：南鄉、新鄉、奉鄉、蓮鄉、廣鄉，巴塱衛沿海以北與卑南沿山以北的民莊多在山之麓或水之濱，可順溪河通行，但也易受水患威脅；廣鄉一帶的土地則因背山面海，耕地狹小；從貓公社沿海到花蓮港，雖有可耕之地，卻屢受木瓜番出草侵擾，無論民番多避而遷去，路遂不通。至於花蓮港以北至加里宛各社二十里間，最為平廣，是後山的肥沃之區，但大鹵番時常出沒襲擊，以至兵勇一撤，加里宛以北新城、得其黎、大小清水、濁水溪及大南澳等延袤百六十里皆棄在境外，且境內溪河，夏秋雨多，往往水漲阻隔通路達一兩個月之久。故由於水患與番亂問題，延遲了漢人拓墾的進度。當時的民莊雖能與番社雜處，憑藉的往往是駐軍堅強的防禦工事，特別是北路的拓墾，移民常需以集村的開發模式，對抗當地原住民的反抗與侵擾，而這種民居與防營的緊密結合，也成為東部後山民莊聚落的最大特色。
